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pH值

兼顧酶活力，防止淀粉老化以及保證液化液質量,PH選擇在6.2-6.4為最佳值。若 pH<6.0時，酶活力，且液化液在酸性條件下易老化；若 pH>6.5時，會使低聚糖還原性末端葡萄糖殘基異構化生成不需要的其它糖類。

凈化分離

低聚異麥芽糖的純度越高，保健功能越好，產品價值越大，國內純度高的國內只有立健這個品牌。為此必須把其中的葡萄糖和麥芽糖分離出來。在現有的研究工藝中國內大多數都是用酵母來實現葡萄糖、麥芽糖的消耗（相當于除雜），所以對酵母菌種的要求是不能或者少利用低聚異麥芽糖，現有工藝使用的酵母一般經過特性篩選和基因工程改造，所以建議在試用現有產品的同時進行傳統的菌種篩選。也有采用強酸性陽離子交換樹脂柱分離的方法和采用葡萄糖氧化酶和過氧化氫酶協同作用去除產物中的葡萄糖的方法，還有結晶法、有機溶劑沉淀法、活性碳吸附法及納米膜分離法等。 可見要實現低聚異麥芽糖的除雜有一定困難和較高成本。國外基本已采用色譜分離技術，純度更高，口感也更好。